L’une des missions de l’Ordre étant d’assurer le respect des devoirs professionnels qui s’imposent aux pharmaciens, l’État l’a doté d’un code de déontologie (décret n° 81-039 du 2 février 1981 portant Code de déontologie des pharmaciens).

Ce code est « l’énoncé des prescriptions exprimant les devoirs des pharmaciens envers leurs clients, leurs confrères et l’administration. » Il détermine le comportement de chaque pharmacien qui doit veiller à conformer chacun de ses actes à l’intérêt général. 

L’Ordre a le devoir d’apprécier et de sanctionner tout écart. Il dispose pour cela de chambres de discipline avec deux niveaux de juridiction.

La première instance est le Conseil de section constitué en chambre de discipline. Cette chambre est présidée par un magistrat désigné par le premier président de la cour d’appel.